Theo thông tư 129/2008 thì " ... 1.2. Hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% phải đáp ứng điều kiện:
- Có hợp đồng bán, gia công hàng hoá xuất khẩu; hợp đồng uỷ thác xuất khẩu hoặc uỷ thác gia công hàng hoá xuất khẩu; hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan;
- Có chứng từ thanh toán tiền hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật;
- Có tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu."
và "...c) Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (trừ các trường hợp hướng dẫn tại điểm 1d, điểm 1đ Mục này) để được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đầu vào phải có đủ điều kiện và các thủ tục nêu tại tiết a, b điểm này và điểm 1.2 mục II phần B Thông tư này, cụ thể như sau:
c.1. Hợp đồng bán hàng hoá, gia công hàng hóa (đối với trường hợp gia công hàng hóa), cung ứng dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài. Đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu là hợp đồng uỷ thác xuất khẩu và biên bản thanh lý hợp đồng uỷ thác xuất khẩu (trường hợp đã kết thúc hợp đồng) hoặc biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên uỷ thác xuất khẩu và bên nhận uỷ thác xuất khẩu có ghi rõ: số lượng, chủng loại sản phẩm, giá trị hàng uỷ thác đã xuất khẩu; số, ngày hợp đồng xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu ký với nước ngoài; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng với nước ngoài của bên nhận uỷ thác xuất khẩu; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán của bên nhận uỷ thác xuất khẩu thanh toán cho bên uỷ thác xuất khẩu; số, ngày tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu.
c.2. Tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu có xác nhận đã xuất khẩu của cơ quan hải quan.
Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu sản phẩm phần mềm dưới các hình thức tài liệu, hồ sơ, cơ sở dữ liệu đóng gói cứng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải đảm bảo thủ tục về tờ khai hải quan như đối với hàng hoá thông thường.
Riêng các trường hợp sau không cần tờ khai hải quan:
- Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu dịch vụ, phần mềm qua phương tiện điện tử thì không cần có tờ khai hải quan. Cơ sở kinh doanh phải thực hiện đầy đủ các quy định về thủ tục xác nhận bên mua đã nhận được dịch vụ, phần mềm xuất khẩu qua phương tiện điện tử theo đúng quy định của pháp luật về thương mại điện tử.
- Hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình của doanh nghiệp chế xuất.
- Cơ sở kinh doanh cung cấp điện, nước, văn phòng phẩm, hàng hoá phục vụ sinh hoạt hàng ngày của doanh nghiệp chế xuất.
c.3. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn sau đây:
Thanh toán qua ngân hàng là việc chuyển tiền từ tài khoản của bên nhập khẩu sang tài khoản mang tên bên xuất khẩu mở tại ngân hàng theo các hình thức thanh toán phù hợp với thỏa thuận trong hợp đồng và quy định của ngân hàng. Chứng từ thanh toán tiền là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản của ngân hàng bên nhập khẩu. Trường hợp thanh toán chậm trả, phải có thỏa thuận ghi trong hợp đồng xuất khẩu, đến thời hạn thanh toán cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp uỷ thác xuất khẩu thì bên nhận uỷ thác xuất khẩu phải thanh toán với nước ngoài qua ngân hàng.
- Các trường hợp thanh toán dưới đây cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng:
+ Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được thanh toán cấn trừ vào khoản tiền vay nợ nước ngoài cơ sở kinh doanh phải có đủ điều kiện, thủ tục, hồ sơ như sau:
(1) Hợp đồng vay nợ (đối với những khoản vay tài chính có thời hạn dưới 01 năm); hoặc giấy xác nhận đăng ký khoản vay của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (đối với những khoản vay trên 01 năm).
(2) Chứng từ chuyển tiền của phía nước ngoài vào Việt Nam qua ngân hàng.
Phương thức thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cấn trừ vào khoản nợ vay nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.
(3) Bản xác nhận của phía nước ngoài về cấn trừ khoản nợ vay.
(4) Trường hợp sau khi cấn trừ giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu vào khoản nợ vay của nước ngoài có chênh lệch, thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.
+ Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu sử dụng tiền thanh toán hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu để góp vốn với cơ sở nhập khẩu ở nước ngoài, cơ sở kinh doanh phải có đủ điều kiện thủ tục, hồ sơ như sau:
(1) Hợp đồng góp vốn.
(2) Việc sử dụng tiền thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu để góp vốn vào cơ sỏ nhập khẩu ở nước ngoài phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.
(3) Trường hợp số tiền góp vốn nhỏ hơn doanh thu hàng hoá xuất khẩu thì số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo hướng dẫn tại điểm này.
+ Trường hợp cơ sở xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu qua ngân hàng nhưng phía nước ngoài uỷ quyền cho bên thứ ba là tổ chức, cá nhân ở nước ngoài thực hiện thanh toán thì việc thanh toán theo uỷ quyền phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có).
+ Trường hợp phía nước ngoài uỷ quyền cho Văn phòng đại diện tại Việt Nam thực hiện thanh toán vào tài khoản của bên xuất khẩu và việc uỷ quyền thanh toán nêu trên có quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có).
+ Trường hợp phía nước ngoài yêu cầu bên thứ 3 là tổ chức ở Việt Nam thanh toán bù trừ công nợ với phía nước ngoài bằng thực hiện thanh toán qua ngân hàng số tiền phía nước ngoài phải thanh toán cho bên xuất khẩu và việc yêu cầu thanh toán bù trừ công nợ nêu trên có quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có) và có chứng từ thanh toán là giấy báo có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản bên thứ 3, đồng thời bên xuất khẩu phải xuất trình bản đối chiếu công nợ có xác nhận của bên nước ngoài và bên thứ 3.
+ Trường hợp phía nước ngoài thanh toán từ tài khoản tiền gửi vãng lai của phía nước ngoài mở tại các tổ chức tín dụng tại Việt Nam thì việc thanh toán này phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có). Chứng từ thanh toán là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản vãng lai của người mua phía nước ngoài đã ký hợp đồng.
- Các trường hợp thanh toán khác đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu theo quy định của Chính phủ:
+ Trường hợp xuất khẩu lao động mà cơ sở kinh doanh xuất khẩu lao động thu tiền trực tiếp của người lao động thì phải có chứng từ thu tiền mặt của người lao động.
+ Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu hàng hóa để bán tại hội chợ, triển lãm ở nước ngoài, nếu thu và chuyển về nước bằng tiền mặt ngoại tệ tại nước tổ chức hội chợ, triển lãm thương mại cơ sở kinh doanh phải có chứng từ kê khai với cơ quan Hải quan về tiền ngoại tệ thu được do bán hàng hóa chuyển về nước và chứng từ nộp tiền vào ngân hàng tại Việt Nam.
+ Trường hợp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ để trả nợ nước ngoài cho Chính phủ thì phải có xác nhận của ngân hàng ngoại thương về lô hàng xuất khẩu đã được phía nước ngoài chấp nhận trừ nợ hoặc xác nhận bộ chứng từ đã được gửi cho phía nước ngoài để trừ nợ; chứng từ thanh toán thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
+ Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thanh toán bằng hàng là trường hợp xuất khẩu hàng hóa (kể cả gia công hàng hóa xuất khẩu), dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài (gọi tắt là phía nước ngoài) nhưng việc thanh toán giữa doanh nghiệp Việt Nam và phía nước ngoài bằng hình thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, tiền công gia công hàng hóa xuất khẩu với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua của phía nước ngoài.
Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thanh toán bằng hàng phải có thêm thủ tục hồ sơ như sau:
(1) Phương thức thanh toán đối với hàng xuất khẩu bằng hàng phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu.
(2) Hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ của phía nước ngoài;
(3) Tờ khai hải quan về hàng hóa nhập khẩu thanh toán bù trừ với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
(4) Văn bản xác nhận với phía nước ngoài về việc số tiền thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa nhập khẩu, dịch vụ mua của phía nước ngoài.
(5) Trường hợp sau khi thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu có chênh lệch, số tiền chênh lệch phải thực hiện thanh toán qua Ngân hàng. Chứng từ thanh toán qua Ngân hàng theo hướng dẫn tại Điểm này.
+ Trường hợp xuất khẩu hàng hoá sang các nước có chung biên giới theo quy định của Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung biên giới thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và Ngân hàng Nhà nước.
+ Một số trường hợp hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu có hình thức thanh toán khác theo quy định của pháp luật có liên quan."
