Quy định "thời hạn nộp thuế GTGT hàng hoá nhập khẩu thực hiện theo thời hạn thông báo nộp thuế nhập khẩu" sẽ ứng dụng cho 3 trường hợp cụ thể được nói đến tại Điểm 3, Mục III, Phần C của Thông tư 32/2007/TT-BTC. Tuy nhiên, trong đó không đề cập đến việc nộp thuế GTGT cho hàng hóa chịu cả thuế nhập khẩu và thuế GTGT.
Cũng tại Thông tư 32/2007/TT-BTC, có quy định: Căn cứ để xác định số thuế đầu vào được khấu trừ là chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
Như vậy, chỉ cần có chứng từ nộp thuế GTGT là bạn sẽ được khấu trừ thuế GTGT của hàng nhập khẩu, không phụ thuộc vào điều kiện nộp cùng thời gian với thuế nhập khẩu.